Habibie & Ainun 3 bercerita tentang masa muda Ainun saat berumur 17 sampai dengan 20 tahun.
Pembuatan film ini sudah muncul pada bulam mei 2017 namun terkendala dari cerita sudut pandang Ainun yang paling menarik. “Untuk menulis naskah cerita 3 lembar saja membutuhkan waktu 6 bulan lebih”. Ujar Manoj menceritakan detail naskah.
Itu pun (Naskah) tidak langsung masuk kedalam tim Produksi. Naskah masih harus diserahkan pada eyang BJ Habibie, Jika ada tambahan dan koreksi. Mengingat film ini berdasarkan kisah nyata dari seorang tokoh.
Pemain-pemain lama kemungkinan tidak kembali dalam Habibie & Ainun 3. Ainun yang sebelumnya dimainkan Bunga Citra Lestari saja, kini diperankan oleh aktris Maudy Ayunda.
Digantikanya pemeran Ainun dari BCL menjadi Maudy Ayunda pun menggunakan persetujuan dari Habibie. Maudy pun berharap aktingnya tidak mengecewakan Habibie dan Alm Ainun.
